Este Departamento tiene a su cargo la investigación de más de 200 analitos distintos: drogas terapéuticas y drogas de abuso, metales,  alcoholes y sustancias varias.
Cuenta con cadena de custodia para el control de alcohol y drogas .
Realiza los tests confirmatorios de los screenings de drogas positivas.
Función importante de este Departamento es el control de la Toxicología Laboral en personas expuestas a sustancias perniciosas para la salud humana.

- Axsym System Abbott
- Cromatógrafos líquidos Hewlett Packard 1050 (4)
- Cromatógrafo líquido Hewlett Packard 1100
- Cromatógrafo líquido Hewlett Packard 1200
- Detectores: IV-Visible-Electroquímico
- Cromatógrafo gaseoso Hewlett Packard
- Detectores: MS FID NPD ECD
- IPC - Espectrómetro Emisión Optica Horiba
- Espectrómetro de Absorción Atómica Aanalyst 100 - Perkin Elmer
- Espectrómetro de Absorción Atómica Aanalyst 600 - Perkin Elmer
- Generador de hidruros y vapor frío FIAS Perkin  Elmer