El Departamento de Microbiología, realiza los estudios bacteriológicos, micológicos, parasitológicos y virales.
A los cultivos clásicos, este Departamento ha anexado Sistemas de Identificación estandarizados, asociados a bases de datos que brindan interpretaciones automatizadas, permitiendo tipificaciones más rápidas y certeras de bacterias y levaduras.
Se han incorporado además métodos moleculares de detección de antígenos bacterianos para el diagnóstico de microorganismos de compleja y difícil recuperación como HPV, Mycobacterias, Chlamydia , etc.
Se determinan también mecanismos de resistencia, sensibilidad de microorganismos de difícil desarrollo y pruebas para identificación y sensibilidad de hongos y levaduras.
El Departamento participa permanentemente de Programas Externos de Control de Calidad y capacitación profesional constante. | 
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